原子力显微镜不仅仅可以被用于测量样品的表面形貌和各种材料特性。 除了成像和单点测量外，AFM悬臂/探针还可以通过蚀刻/刮擦等减法技术，也可以通过加法技术，在表面上进行实际的书写。在纳米尺度上操纵样本特征也是可能的。通常是在静态模式下，悬臂/探头可以通过尖端和样品之间高偏转设定值下的激烈相互作用在表面上雕刻出图案或结构。下图是在这种方式下，坚硬的悬臂在样品上划一个“X”。
该探头还可以通过探针和样品之间的点的局部氧化来写下结构和图案。 在以下示例中，通过在样品和导电金刚石尖端之间施加3 V电压，用钛的局部氧化来蚀刻Nanosurf了徽标。
在纳米操纵方面，探头可用来切割或移动微结构。在下面的示例中，探头对细菌（下图中两个图像中的细长白色结构）执行“手术”，并将其分为两部分。细菌的切口很明显。
手术前
手术后
更高级的设置，例如Flex-FPM--使用FluidFM™，空心悬臂与微流体控制系统相连--也可以在蚀刻模式下写入或沉积液体中的分子，这些分子通过空心悬臂传递到表面。涉及的体积很小（飞升），并与微米精度结合在一起以写出如下所示的流体图案。左边是一个用生物分子写成的网格，它是施用时间和施压级数的函数，生成控制良好的不同大小的点。右边是用50％甘油溶液和200mbar背压下在空气中写的Nanosurf徽标。
自动设点
Flex-FPM 刻蚀
通过这种方法，DNA和RNA可以在一个表面上进行单细胞含量分析。凭借其空心探针，FluidFM 更是一种多用途的技术，而不仅仅是一种用于设点和纳米刻蚀的工具。表现为在尖端处有一个开口的FluidFM探头，可以用作单细胞注射或 提取的注射器。